学校2013年成立中国（上海）自贸区供应链研究院和上海高级国际航运学院。中国（上海）自贸区供应链研究院将自贸区建设与供应链研究有机结合，以提升自贸区产业链建设水平，促进自贸区货物贸易向服务贸易的转型发展，同时推动政府监管职能的转变。上海高级国际航运学院采取国际上先进的商学院运作模式，与全球优秀教育机构资源共享，着力打造国内领先、国际知名的航运金融教育品牌，构筑具有影响力的航运高端人才输出基地。
2008年，上海市教育委员会、上海市城乡建设和交通委员会、上海海事大学、虹口区人民政府等20多家单位共同发起成立上海国际航运研究中心。中心挂靠上海海事大学，是国际航运业发展的研究和咨询机构，为政府和国内外企业与航运机构等提供决策咨询和信息服务，是上海市教委首批建立的“高校知识服务平台”之一。 2014年，市教委将该平台挂牌为“上海市协同创新中心”。
学校现有1个国家重点（培育）学科，1个上海市高峰学科，2个上海市高原学科，9个部市级重点学科，工程学、计算机科学和社会科学总论和材料科学4个学科进入ESI全球前1%,港航物流学科保持全球领先。5个国家级特色专业，1个国家级综合改革试点专业，15个国家级一流本科专业建设点，6个教育部卓越工程师教育培养计划专业，17个上海市本科教育高地。学校以”视教育质量为生命，严谨治学，发扬航运、物流、海洋特色，培养一流人才”为质量方针，以“质量工程”为抓手，深化改革，加强管理，稳步提高教育教学质量，不断加强内涵建设。学校本着“立足特色、强化优势”的策略，将依托航运、物流、海洋等三个特色学科领域，提升相关支撑学科的整体水平，逐步形成以高峰、高原、支撑学科构成，结构优化、资源集聚、制度创新的学科体系。
